En la primera fase en el grupo A nos ofreció un gran duelo entre tres de los equipos grandes de la competición, donde finalmente lideró el Fenerbahce Ulker de Obradovic seguido muy de cerca por el CSKA de Moscu y el Barcelona. En el grupo B un Real Madrid invicto no encontró rival, lo mismo en el grupo C con un intratable Olympiacos. Finalmente en el grupo D el Maccabi lideró con solvencia. La sorpresa de esta primera fase fue la temprana eliminación del Montepaschi Siena
Esta temporada comienzan 24 equipos donde en la primera fase se encuadran en tres grupos de ocho equipos. Tras una liguilla de 14 jornadas se clasificarán los cinco primeros de cada grupo y el mejor sexto equipo para el TOP16
En el verano del 2000 ocurrió un acontecimiento histórico. Algunos de los equipos más importantes de Europa descontentos con el trato económico que tenia la FIBA con ellos deciden crear una organización llamada Unión de Ligas Europeas de Baloncesto (ULEB) y crear una competición paralela bajo su mandato. Durante todo el verano tanto FIBA como la ULEB no llegaron a un acuerdo y se llegó a la esperpéntica situación de disputarse dos copas de Europa, la de toda la vida, la de la FIBA, que decidió llamarse Suproleague y la nueva, la de la ULEB, que se llamaría Euroleague. Los equipos partidarios por cada bando fueron completando las dos competiciones, la cisma por el baloncesto europeo de clubes estaba servida
